Oda Nobunaga menaklukkan daimyo-daimyo pesaingnya dengan memakai teknologi Eropa dan senjata api. Nobunaga hampir berhasil menyatukan Jepang sebelum tewas terbunuh dalam Peristiwa Honnōji 1582. Toyotomi Hideyoshi menggantikan Nobunaga, dan mencatatkan dirinya sebagai pemersatu Jepang pada tahun 1590. Hideyoshi berusaha menguasai Korea, dan dua kali melakukan invasi ke Korea, namun gagal setelah kalah dalam pertempuran melawan pasukan Korea yang dibantu kekuatan Dinasti Ming. Setelah Hideyoshi wafat, pasukan Hideyoshi ditarik dari Semenanjung Korea pada tahun 1598.

Sepeninggal Hideyoshi, putra Hideyoshi yang bernama Toyotomi Hideyori mewarisi kekuasaan sang ayah. Tokugawa Ieyasu memanfaatkan posisinya sebagai adipati bagi Hideyori untuk mengumpulkan dukungan politik dan militer dari daimyo-daimyo lain. Setelah mengalahkan klan-klan pendukung Hideyori dalam Pertempuran Sekigahara tahun 1600, Ieyasu diangkat sebagai shogun pada tahun 1603. Pemerintahan militer yang didirikan Ieyasu di Edo (kini Tokyo) disebut Keshogunan Tokugawa. Keshogunan Tokugawa curiga terhadap kegiatan misionaris Katolik, dan melarang segala hubungan dengan orang-orang Eropa. Hubungan perdagangan dibatasi hanya dengan pedagang Belanda di Pulau Dejima, Nagasaki. Pemerintah Tokugawa juga menjalankan berbagai kebijakan seperti undang-undang buke shohatto untuk mengendalikan daimyo di daerah. Pada tahun 1639, Keshogunan Tokugawa mulai menjalankan kebijakan sakoku ("negara tertutup") yang berlangsung selama dua setengah abad yang disebut periode Edo. Walaupun menjalani periode isolasi, orang Jepang terus mempelajari ilmu-ilmu dari Dunia Barat. Di Jepang, ilmu dari buku-buku Barat disebut rangaku (ilmu belanda) karena berasal dari kontak orang Jepang dengan enklave orang Belanda di Dejima, Nagasaki. Pada periode Edo, orang Jepang juga memulai studi tentang Jepang, dan menamakan "studi nasional" tentang Jepang sebagai kokugaku.