Dalam legenda, Hattori Hanzo tercatat sebagai seorang superhuman ninja warrior. Dikisahkan Hanzo memiliki kemamuan untuk menghilangkan diri yang sangat sempurna. Ia juga menguasai ilmu penggunaan tali untuk menangkap musuh secara tepat. Kemampuan psychokinesis dan psychomancy pun konon dikuasai oleh Hanzo, membuatnya dapat memprediksikan taktik serta kekuatan lawan secara akurat.

Selain seorang ninja, ia juga dikenal sebagai ahli pedang berkemampuan tinggi, seorang penyusun taktik jitu sekaligus piawai dalam memakai tombak. Hattori Hanzo mulai belajar ilmu bela diri pada usia 8 tahun di Gunung Kurama dan pada usia 12 tahun berhasil menjadi seorang ninja. Di usia 18 tahun, Hanzo dengan sukses menggapai posisi master ninja. Ayahnya, yakni Yasunaga, melayani Matsudaira Kuyoyasu selaku pemimpin klan Mikawa sekaligus kakek dari Ieyasu Tokugawa. Meski terlahir dan dibesarkan di provinsi Mikawa, ia sering kembali ke Iga selaku rumah dari keluarga Hattori yang memiliki kekuasaan sebagai pemimpin komunitas ninja di provinsi Iga.

Hubungan antara Hanzo dan Tokugawa Ieyasu, shogun Jepang, bermula saat Hanzo berumur 26 tahun. Ketika tinggal di Mikawa, ia menantang Hanzo untuk menahan nafas dalam air dan bahkan mencekik leher Hanzo dengan selembar kain. Tantangan itu dihadapi Hanzo dengan tenang dan akhirnya ia keluar menjadi pemenang. Ieyasu yang pucat dan terengah-engah karena kehabisan nafas bertanya mengenai berapa lama seorang ninja dapat bertahan dalam air, yang dijawab oleh Hanzo, ”Satu atau dua hari, tergantung permintaan tuan.” Untuk membuktikannya, ia kembali menyelam ke dalam air sampai beberapa jam lamanya hingga Ieyasu cemas dan mulai memanggil-manggil namanya. Hanzo muncul ke permukaan tanpa tanda-tanda kehabisan nafas lalu menyerahkan sebuah pedang pendek yang tadinya ada di pinggang Ieyasu. Ieyasu langsung terpukau dengan kemampuan Hanzo dan menjadikannya anak buah andalan sekaligus sahabatnya.

Ieyasu Tokugawa lalu mendirikan pemerintahan pusat yang bertahan selama 300 tahun, bertahan selama 15 tahun generasi keturunannya. Keberhasilan tersebut tidak lepas dari kemampuan Ieyasu dalam melobi banyak prajurit bertalenta tinggi. Ia memperkerjakan banyak orang dengan latar belakang yang berbeda dalam usahanya mengumpulkan ilmu dan pengetahuan. Ieyasu juga banyak dibantu oleh klan ninja, terutama Hanzo. Selama Warring States Period, para ninja merupakan agen penting dalam pengumpulan informasi dan eksekusi yang cepat. Meski banyak daimyo yang memperkerjakan ninja tetapi tidak ada daimyo sepintar Ieyasu yang cara piki dan kepandaiannya disukai para ninja. Salah satu kesuksesan dan bukti kesetiaan Hanzo pada Ieyasu adalah ketika Ieyasu mencium niat pemberontakan pada Nobunaga di Honno-ji temple. Hanzo meminta tuannya untuk mampir ke Iga, kembali ke Mikawa dengan bantuan para ninja Iga dan Koga lalu menyerang para prajurit yang berkhianat. Ieyasu pun setuju dengan usul Hanzo. Setelah mengumpulkan sekitar 300 ninja, Hanzo menyerang Honno-ji sementara Ieyasu disembunyikan di Mikawa. Keberhasilan Hanzo dibalas dengan memperkerjakan semua ninja yang membantunya dalam pertempuran tersebut.

Lalu di tahun 1590, ketika Ieyasu tinggal di Edo, para ninja diberikan tempat tinggal di sayap barat istana Edo. Area tersebut dinamakan Hanzo-Cho, dan salah satu gerbang istana dinamakan Hanzo-mon (Gerbang Hanzo). Saat Battle of Winter dan Battle of Summer yang terjadi di Osaka tahun 1614-1615, menjadi pertempuran paling besar yang pernah terjadi di Jepang. Dalam perang tersebut, para ninja mencapai puncak kejayaan dimana peran mereka sangat besar dalam mempertahankan pimpinan serta mengirim informasi. Ketika Sanada Yukimura, salah seorang jendral Toyotomi terkemuka sibuk menyusun taktik di istana Osaka, Ieyasu mengirimkan surat panah berisi tawaran 100.000 koku beras. Ieyasu juga menyuruh para ninja menyamar sebagai ronin dan memasuki istana Osaka untuk mengumpulkan informasi. Kemampuan mereka untuk menyamar akhirnya membuat klan Toyotomi kecolongan banyak informasi berharga, yang mengarah pada kejatuhannya di Battle of Winter dan Battle of Summer.

Hattori Hanzo meninggal di tahun 1596 pada usia 55 tahun. Ada yang mengatakan Hattori meninggal karena sakit, tetapi ada juga yang percaya bahwa Hattori dibunuh dalam sebuah pertempuran oleh ninja bernama Fuma Kotaro. Kekuasaan Hattori diturunkan kepada anaknya Masanari yang baru berusia 18 tahun ketika ayahnya meninggal. Sayangnya ia tidak menguasai ninjutsu dan lalai dalam memimpin klan Iga sehingga para ninja menganggap Masanari tidak pantas menwarisi nama besar Hanzo dan mengakibatkan perpecahan. Para ninja yang memberontak mendesak Masanari untuk turun dari tampuk pimpinan. Jumlah ninja yang memberontak tidak tercatat dengan jelas tetapi para sejarawan mencatat pemberontakan tersebut sebagai salah satu pemberontakan paling besar dalam sejarah Jepang. Di tahun 1605, klan Iga terpecah menjadi 4 bagian dan masing-masing dipimpin oleh samurai berkedudukan rendah. Iga pun tidak pernah lagi mencapai kejayaan seperti yang pernah diraih Hanzo.