Pada bulan maret 1581, benteng Hojo diserang oleh pasukan Takeda Katsuyori, dia membangun benteng / markas di gunung yang berlawanan arah dengan benteng Hojo. Kotaro dan beberapa ninjanya melakukan taktik berupa serangan malam dengan beberapa orang dan berusaha memancing agar lawan menyerang. tapi taktik ini akhirnya memberikan kemenangan pada kubu klan Hojo karena Kotaro dan ninjanya melakukan serangan malam yang merusak dan menghancurkan mental pasukan lawan. Mereka membunuh banyak paasukan lawan dan membunuh secara brutal sehingga menyebabkan pasukan lawan harus berjaga tiap malam dan siang. Hal ini menyebabkan kekuatan pasukan lawan menurun dan menyebabkan ketakutan berlebihan di kalangan pasukan Takeda Katsuyori. Setelah beberapa dekade klan ninja fuma hanya menjadi sekelompok bajak laut / sekelompok bandit yang meresahkan masyarakat. Di tahun 1596 Ieyashu Tokugawa memerintahkan Hattori Hanzo untuk membekuk kelompok ninja tersebut. Hattori membangun kapal yang besar dengan perlengkapan dan meriam besar. Dia tahu kalau klan Fuma berlayar dengan menggunakan beberapa kapal2 kecil dan sebuah kapal selam kecil bernama Funakainin. Ketika kapal telah selesai dibuat Hattori dan krunya berlayar ke Selat Sou untuk mencari klan Fuma. Disana mereka menemukan markas lawan dengan beberapa kapal kecil berderet tanpa pasukan. Hattori akhirnya menembakan meriam dan menghancurkan beberapa kapal lawan. Melihat kapal lawan yang mengalami kerusakan dan berusaha melarikan diri Hattori memerintahkan kru kapal untuk mengejarnya, mereka akhirnya mengejar sampai ke sungai kecil. Ternyata ini adalah sebuah jebakan dari klan fuma untuk memancing kapal lawan ke sungai kecil dan menyerang mereka. Kotaro memerintahkan pasukannya untuk menembakkan panah api ke kapal Hattori. Karena kapal yang mulai terbakar Hattori memerintahkan krunya untuk melompat ke sungai, tetapi mereka menolak. Akhirnya Hattori memerintahkan krunya untuk melemparkan mesiu ke sungai. Hal ini sia2 karena Kotaro telah memerintahkan pasukannnya untuk melemparkan minyak ke sungai dan mulai membakarnya. Hatori dan krunya akhirnya mati di kapalnya karena terbakar. Rahasia keberhasilan ini karena adanya kapal selam kecil yang dapat menyusup ke kapal lawan dan menyulut api dari dalam

Fuma Kotaro kemudian menghilang dalam kabut sejarah tanpa ada penulisan sejarah mengenai keberadaan dan kematiannya.